โครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ เดิมใช้ชื่อว่า Math Gifted        
ซึ่งเริ่มจากการที่โรงเรียนอนุบาลกำแพงเพชรได้ส่งนักเรียนเข้าร่วมการแข่งขันคณิตศาสตร์ของ สสวท. ซึ่งเป็นการทดสอบความสามารถทางคณิตศาสตร์โครงการอัจฉริยภาพทางด้านคณิตศาสตร์ และการสอบคณิตศาสตร์
สู่โอลิมปิก มีนักเรียนของโรงเรียนอนุบาลกำแพงเพชรได้รับคะแนนจาการสอบผ่านเกณฑ์ติดต่อกันเป็นเวลาหลายปี ดังนั้นสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ) เล็งเห็นความสำคัญในความสามารถพิเศษด้านคณิตศาสตร์ของนักเรียนกลุ่มนี้ จึงได้มีมติให้คัดเลือกโรงเรียนอนุบาลกำแพงเพชรเข้าร่วมโครงการหลักสูตรคณิตศาสตร์เพิ่มพูนประสบการณ์  (Math Gifted) โดยโรงเรียนอนุบาลกำแพงเพชรได้จัดส่งครูเข้ารับการอบรมหลักสูตรพิเศษจำนวน 2 ท่าน คือ นางวันทนา   ทรงประดิษฐ และนางอรสา   เฉวียงหงษ์  ในวันที่ 24 – 28 มีนาคม 2551
การดำเนินงานโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ โรงเรียนอนุบาลกำแพงเพชรได้ประกาศสอบคัดเลือกนักเรียนเข้าร่วมโครงการในปีการศึกษา 2551 ในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 จำนวน 35 คน และระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 จำนวน 45 คน โดยการทดสอบครั้งนี้โรงเรียนอนุบาลกำแพงเพชรได้เลือกข้อสอบที่วัดความสามารถทางด้านคณิตศาสตร์โดยเฉพาะ จึงเน้นการสอบตามหลักสูตรที่ได้รับการอบรมมา และได้ผลิตสื่อประกอบการเรียนการสอนให้กับนักเรียนในโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์อีกด้วย
ผลการดำเนินงานโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ในปีการศึกษา 2551 นักเรียนในโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์สามารถสอบแข่งขันความสามารถพิเศษทางด้านคณิตศาสตร์ แข่งขันระดับจังหวัด คือนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 ได้รับรางวัลชนะเลิศอันดับที่ 1 และนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 ได้รับรางวัลชนะเลิศอันดับที่ 3 นอกจากนี้นักเรียนในโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางด้านคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ ได้รับ การคัดเลือกเป็นตัวแทนการสอบแข่งขันทางวิขาการระดับเขตพื้นที่การศึกษากำแพงเพชร เขต 1 จำนวน 12 คน โดยได้รับรางวัลเหรียญทอง เหรียญเงิน เหรียญทองแดง ตามลำดับ
ต่อมาในปีการศึกษา 2552 ในวันที่ 23 – 27 มีนาคม 2552 โรงเรียนอนุบาลกำแพงเพชร          
ได้เข้าร่วมการอบรมหลักสูตรอย่างต่อเนื่องอีกครั้ง โดยครั้งนี้มีครูจำนวน 3 ท่าน ที่เข้าร่วมการอบรม คือ
นางวันทนา   ทรงประดิษฐ   นางอรสา   เฉวียงหงษ์  และนางสาวสุนันท์   มิ่งมณี  โดยการอบรม ครั้งนี้ 
มีพระอาจารย์ศักดา   บุญโตเป็นที่ปรึกษาผู้เชี่ยวชาญพิเศษ  อดีตรองศาสตราจารย์ภาควิชาคณิตศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
การดำเนินงานในปีการศึกษา 2552 โรงเรียนอนุบาลกำแพงเพชรได้ประกาศสอบคัดเลือก
นักเรียนเข้าโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ ประจำปีการศึกษา 2552
 โดยคัดเลือกจากนักเรียนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 3 ที่กำลังจะเลื่อนชั้นขึ้นประถมศึกษาปีที่  4  
จำนวน  46  คน ส่วนนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 เดิมได้เลื่อนชั้นไปประถมศึกษาปีที่ 5 จำนวน 36 คน นักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 ที่จะเลื่อนชั้นไปประถมศึกษาปีที่ 6 ได้ทำการสอบคัดเลือกใหม่เพื่อให้ได้
คุณภาพ  อย่างแท้จริง จำนวน 46 คน
ปีการศึกษา 2553 โรงเรียนอนุบาลกำแพงเพชร ได้เปิดรับนักเรียนเข้าโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 จำนวน  35 คน
ปีการศึกษา 2554 โรงเรียนอนุบาลกำแพงเพชร ได้เปิดรับนักเรียนเข้าโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 จำนวน  35  คนส่วนนักเรียนระดับ ชั้นประถมศึกษาปีที่ 2 ที่เลื่อนชั้นเรียน จึงมีนักเรียนรวม จำนวน  70  คน
ปีการศึกษา 2555 มีนักเรียนในโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 3 รวม จำนวน  110 คน
ปีการศึกษา 2556 มีนักเรียนในโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 4 รวม จำนวน 155 คน
ปีการศึกษา 2557 มีนักเรียนในโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 5 รวม จำนวน  200  คน
ปีการศึกษา 2558 มีนักเรียนในโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 6 รวม จำนวน  240  คน
ปีการศึกษา 2558 เริ่มรับนักเรียนในโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์  Math   Science  Program   (MSP) ตามแผนปฏิบัติราชการระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 จำนวน  45  คน
ปีการศึกษา 2559 มีนักเรียนในโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ Math  Science Program   (MSP) ตามแผนปฏิบัติราชการระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1  จำนวน 38 คน
ชั้นประถมศึกษาปีที่ 2  จำนวน  43  คน  รวมทั้งหมด  81  คน
ปีการศึกษา 2560 มีนักเรียนในโครงการพัฒนาอัจฉริยภาพทางคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ Math  Science Program  (MSP) ตามแผนปฏิบัติราชการระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1  จำนวน 43 คน
ชั้นประถมศึกษาปีที่ 2  จำนวน  39  คน  ชั้นประถมศึกษาปีที่ 3 จำนวน  43  คน
รวมทั้งหมด 129 คน
ปีการศึกษา 2561 มีนักเรียนในห้องเรียนพิเศษคณิตศาสตร์  และวิทยาศาสตร์ (MSP) ตามแผนปฏิบัติราชการ ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 จำนวน  36 คน ชั้นประถมศึกษาปีที่  2 จำนวน 41 คน ชั้นประถมศึกษาปีที่ 3 จำนวน 40 คน ชั้นประถมศึกษาปีที่  4 จำนวน 39 คน รวมทั้งหมด 156 คน 
ปีการศึกษา 2562 มีนักเรียนในห้องเรียนพิเศษคณิตศาสตร์  และวิทยาศาสตร์ (MSP) ตามแผนปฏิบัติราชการ ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ได้เพิ่มจำนวนห้องเรียนพิเศษคณิตศาสตร์  และวิทยาศาสตร์ (MSP)  เป็น 2 ห้องเรียน ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1  ห้อง 4  จำนวน  36 คน และ ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1  ห้อง 5  จำนวน  36 คน ชั้นประถมศึกษาปีที่  2 จำนวน 35 คน ชั้นประถมศึกษาปีที่ 3 จำนวน 36 คน ชั้นประถมศึกษาปีที่  4 จำนวน 41 คน ชั้นประถมศึกษาปีที่  5 จำนวน 40 คน  และ ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 จำนวน 40 คน รวมทั้งหมด 264 คน  

ตราประจำห้องเรียนพิเศษ คณิตศาสตร์ และวิทยาศาสตร์ Math Science Program (MSP)  

1.      สีฟ้า     หมายถึง สีประจำกลุ่มวิชาคณิตศาสตร์ สีฟ้าเป็นสีแห่งการเปลี่ยนแปลงและเจริญเติบโต
สีฟ้าเป็นสีแห่งฤดูใบไม้ผลิ กล่าวได้ว่าจึงเป็นเสมือนการต้อนรับฤดูกาลใหม่ อีกทั้งสีฟ้าเป็นสีแห่งความสดชื่น ปลอดโปรงโล่งสบายและสดใส จึงพ้องกับความคิดที่ว่า สีฟ้าเป็นสีแห่งฤดูใบไม้ผลิ เปรียบได้กับนักเรียนที่เริ่มศึกษาหาความรู้สิ่งใหม่เพิ่มพูนประสบการณ์ต่าง ๆ ได้อย่างเหมาะสม

2.      สีเขียว  หมายถึง สีประจำกลุ่มวิชาวิทยาศาสตร์ เป็นสัญลักษณ์แทนธาตุไม้ ซึ่งมีความหมาย
เกี่ยวเนื่องด้วยการเปลี่ยนแปลงไปในทางที่ดีขึ้น เจริญงอกงามนำความรุ่งเรืองสดใสมาสู่ระบบ ในทางจิตวิทยา สีเขียวเป็นสีของธรรมชาติ ความอุดมสมบูรณ์เมื่อมองดูจะให้ความรู้สึกสดชื่นของธรรมชาติ ดูเหมือนว่าสีเขียวจะแทนธรรมชาติที่ดีๆโดยรวม สีเขียวช่วยบำบัดความเคร่งเครียดเปรียบเสมือนการเรียนรู้อย่างเป็นธรรมชาติของนักเรียน

3.      สีส้ม  หมายถึง สีส้มเป็นสีที่เกี่ยวกับสีน้ำผึ้ง คือความรุ่งโรจน์ พลังอำนาจความเป็นมงคลและความ
มั่งคั่งความหวังรุ่งเรืองของสีส้มในทางจิตวิทยา หมายถึงการฟื้นตัวและพลังชีวิต เป็นสีแห่งชัยชนะ มีความเชื่อมั่นในตนเอง นักเรียนสามารถพัฒนาตนให้เป็นบุคคลแห่งการเรียนรู้ คิดวิเคราะห์และแก้ปัญหาเฉพาะหน้า ซึ่งจะพัฒนาไปสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการในด้านคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ต่อไป

4.      MSP    หมายถึง Math Science Program หรือห้องเรียนพิเศษ โปรแกรมคณิตศาสตร์ และ
วิทยาศาสตร์หมายถึงนักเรียนที่เริ่มหาความรู้ใหม่ ๆ เพื่อเพิ่มพูนประสบการณ์ และเรียนรู้อย่างธรรมชาติพัฒนาตนเป็นบุคคลแห่งการเรียนรู้คิดวิเคราะห์ และแก้ปัญหาเฉพาะหน้าได้ซึ่งจะพัฒนาไปสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการในด้านคณิตศาสตร์ และวิทยาศาสตร์